Du skal kombinere alle atomene i hvert molekyle indtil der kun er en enkelt atom tilbage. Dette gør du ved at kombinere atomerne talvis, dvs. par af 1'ere, par af 2'ere, par af 3'ere osv. Dog kan to atomer kun kombineres, hvis de er forbundet med hinanden. Nogle atomer er forbundet med en tyk blå streg, dem kan du bruge til at bytte plads på de 2 forbundne atomer uendelig mange gange, mens en rød tyk streg kun kan bruges én gang. Senere vil der også indgå matematik i spillet. Du bruger musen til at styre.